V Bílé Hoře uvádí autor domácí názory a spory do širšího kontextu evropského ducha tragické epochy. Kniha proto nevychází vstříc ani jedné z ideologicky rozvášněných stran.

Povstání „českých stavů“ (mezi jehož účastníky nacházíme polovinu Němců) bylo totiž ze všeho nejvíc konfliktem dvou německých panovníků českého království, podníceným náboženským fanatismem některých vůdců. Bylo zbytečnou tragédií, u jejíchž kořenů stál vliv nepatrné nezodpovědné menšiny. Porážka na bitevním poli ovšem ukončila českou státnost, ale ta se vytrácela už od volby prvního Habsburka na český trůn (1526). Šlechtická republika jako možné řešení nepřipadala vzhledem k mocenským poměrům v úvahu. Případné vítězství stavů by bylo vedlo k pronásledování katolíků, jako se to dělo v letech 1618–20. České země by se byly dostaly do vleku luteránského Německa a je pravděpodobné, že by byly poněmčeny.

Násilnou rekatolizaci většinového nekatolického národa (z 80 procent!), výsledek amorálního německého augšpurského míru „cuius regio eius religio“ (1555), považuje historik za naprostou pohromu, která se vyznačovala hromadným lámáním charakterů a odměňováním kariéristů. Takové bylo šílenství Evropy. Pekař odmítá ideologizaci dějin, „temno“ je nesmysl, a vyjadřuje obdiv k barokní kultuře, jak se u nás rozvinula po třicetileté válce: „Historik musí připustiti také, že barok, jenž s vítězem vstoupil jako nový duševní vládce do dobytého Českého království, nesl s sebou velmi silný živel kulturní. Ten netkvěl jen v jeho estetickém bohatství…, ale záležel i v citovém důrazu… Barok dal svými stavbami, svými bezpočetnými sochami… nesmazatelný ráz české krajině, vtiskl i lidu v příbytku, kroji, písni, ba v cítění i životě pečeť svou, stvořil… svět Babičky, v němž naučili jsme se shledávati, cos specificky českého a z něhož vyšly poslední generace našeho národa. (…) Popírám, že s vítězstvím protireformace počíná se v duševním životě země jediná bezútěšná poušť… kdo přihlédne blíže, najde v době protireformační vedle hojných svědectví duševního úpadku, šířeného násilím autority začasté omezené, také doklady mravní snahy, stopy duchovní vzpoury, která musí státi tím výše v našem obdivu, čím pohotovější a bezohlednější byl duch útisku, jemuž se odvážila čeliti…“