Silence začíná zběsilým útěkem dorůstajícího chlapce Noaha a jeho malé sestry Renie, kteří se před náletem na poslední chvíli ukrývají v malém protileteckém krytu. Tam si pro uklidnění vyprávějí příběh, který je přenese do pohádkového světa jménem Silence. Zde se dvojice nešťastnou náhodou rozdělí, a vaším prvním úkolem je dát ji zase dohromady. Další úkoly včetně záchrany celého Silence na vás pochopitelně čekají vzápětí.