Warriors Orochi 3 přivádí na jedno bojiště oblíbené hrdiny sérií Dynasty Warriors a Samurai Warriors ve zbrusu novém příběhu, ve kterém se vůbec poprvé objevují i postavy z her Ninja Gaiden, Warriors: Legends of Troy, Bladestorm, Trinity: Souls of Zill O’ll a Dead or Alive.

Několik let po bitvě proti Orochimu, dračímu králi, hrdinové období tří království a období válčících států usilují o ovládnutí nového vesmíru, do kterého byli vrženi, když v tom se objeví nové nebezpečí. Hrozivé, obrovské monstrum, připomínající saň s osmi hlavami, zahalí stínem celou zemi a přemůže většinu statečných válečníků. Ti, kteří přežijí, cestují za pomoci tajemné bojovnice jménem Kaguya zpět časem, aby zachránili padlé hrdiny, utvořili nová spojenectví a shromáždili mocné zbraně pro armádu, která by mohla strašlivou hydru porazit. A skrze časový vír jsou do tohoto vesmíru vtaženi i další spojenci, kteří jim v bitvě pomohou.