Záchranná mise skončila masakrem, do kterého musela zasáhnout i armáda. Zatímco se Ed a Al vyrovnávají s následky svých činů, přijíždí do města dvojice cizinců. Překročili velkou poušť a přišli si pro Kámen mudrců…

Bitva s homunkuly se rozhořela na dvou frontách. Zatímco Ed a Al bojují s Gluttonym, plukovník Mustang spolu se svými věrnými vojáky vyráží do útoku proti vrchnímu veliteli Bradleymu. Co bude nakonec nebezpečnější? Gluttonyho nenasytný žaludek, nebo úskalí vysoké politiky?

Porcovač Barry sice není příliš kladný hrdina, avšak to mu na důležitosti neubírá. Jeho vědomosti o pokusu vyrobit Kámen mudrců jsou totiž nesmírně cenné a plukovník Mustang tak musí udělat vše, co je v jeho silách, aby jej ochránil před homunkuly.

Edwarda Elrica nezajímá nic jiného, než jak svému bratru Alphonsovi vrátit jeho původní tělo, o které přišel při nebezpečném alchymistickém pokusu.

Základní pravidlo alchymie zní – abyste něco získali, musíte obětovat něco stejné hodnoty. O tom, že se toto pravidlo nevyplácí porušit, se mladí alchymisté Edward a Alphons Elricovi přesvědčili na vlastní kůži.

Pátrání po kameni mudrců vázne a mezi bratry Elricovými je dusno. Zatímco se Edward snaží zaplašit Alovy pochybnosti, vedení se ujímá podplukovník Hughes, který objeví zajímavou skutečnost týkající se tajemných bytostí, které stojí za výrobou kamene mudrců.

Edward a Al se vrací domů, aby se zotavili po těžkém boji. To ovšem neznamená, že jejich pátrání po kameni mudrců končí – právě naopak. Za přispění majora Armstronga se Edward o tomto alchymistickém svatém grálu dozvídá i něco, co možná nikdy nechtěl vědět.

Bratři Elricovi se konečně setkávají se svou starou učitelkou a ukáže se, že jejich obavy byly na místě – skutečně je nevidí dvakrát ráda a její přesvědčení navíc napovídá, že jim nebude ochotna s hledáním kamene mudrců pomoci.

Jak se Ed vlastně stal slavným Ocelovým alchymistou? Vzpomínání na náročný a nesmlouvavý výcvik v domě paní učitelky Izumi i na první setkání s budoucím plukovníkem Mustangem se na první pohled může zdát jako pouhé nostalgické ohlédnutí…

Kde byl Alphons Elric tu krátkou chvíli, co byl vymazán z existence? Kde byla jeho duše?

Ed i Al se vrací do hlavního města na velitelství, ale čekají tu na ně jenom špatné zprávy. Plukovník Maes Hughes byl zavražděn… a hlavním podezřelým je Maria Ross. A venku zatím řádí oživlý sériový vrah, tajemný homunkulus a voják posedlý pomstou…

Hohenheim se po mnoha letech vrátil do Resemboolu, ale nedá se říct, že by na něj jeho synové čekali s otevřenou náručí. Jeho přítomnost v Edwardovi navíc vyvolává nepříjemné vzpomínky a zároveň pochybnosti, se kterými nebude snadné se vypořádat…